Ontstaan van Nieuwkoop
Tot omstreeks het jaar 900 maakte het huidige Nieuwkoopse plassengebied onderdeel uit van een uitgestrekt, open hoogveenlandschap. Een van de veenriviertjes was de Meije, een zijtak van de Oude Rijn. De Oude Rijn, die bij Katwijk in zee uitmondt, fungeerde in deze vroeg middeleeuwse periode nog als een van de hoofdtakken van het Rijn-estuarium. Het wisselende afvoerregime van de Oude Rijn drong ook door tot in de Meije, zodat men langs dit riviertje op uitgebreide schaal zand en rivierklei afzettingen aantreft. Ook de getijdenwerking drong via de Oude Rijn door tot in deze omgeving.
Ontginning en turfwinning
Vanaf de 10e eeuw werd het gebied in hoog tempo ontgonnen door sloten en afwateringen in het veengebied te graven ten behoeve van graanteelt. Toen het te nat werd voor graanteelt schakelde men over op weiland of hooiland. Grote delen stonden ’s winters onder water. Vanaf de 14e eeuw nam de vraag naar turf in West-Nederland explosief toe en dat hield aan tot ver in de 19e eeuw. In die periode werd, bij gebrek aan eenvoudig droog te leggen hoogveencomplexen, op tal van plaatsen overgeschakeld op veenwinning ‘in-den-natte’, waarbij de petgaten-legakker complexen ontstonden.
Onstaan Nieuwkoopse plassen
Overexploitatie van het veen leidde er in de loop van de tijd toe dat grote watervlakten ontstonden. Zo zijn ook de Nieuwkoopse Plassen ontstaan. Op oude kaarten tekenen zich omstreeks 1700 al de Noordeinderplas en Zuideinderplas af. Op andere plaatsen in het Nieuwkoopse Plassengebied was het veen te slibrijk, zodat het terrein daar minder intensief werd benut. Daardoor bleef daar het aloude 16 legakkers/petgatenpatroon in stand. Ten zuidoosten van de Meesloot, in de Meijegraslanden, is zelfs in het geheel niet verveend omdat hier door de Meije te veel klei was afgezet.
De winning van het veen in de Nieuwkoopse Plassen is rond 1850 gestopt (Natuurmonumenten, 2003). Daarna is alleen nog gebaggerd in de grote gaten (met name in de Noordeinderplas en Zuideinderplas). De uitgestrekte veenplassen, waaronder ook de Polder Nieuwkoop, zijn vanaf begin 19e eeuw drooggelegd en in gebruik genomen door de landbouw. Daarmee vormen deze polders, eens de hoogst gelegen delen van de hoogveencomplexen, thans de laagst gelegen delen in het huidige polderlandschap.
Landschap
Het meest karakteristiek zijn de veenweidegebieden, waarvan het verkavelingspatroon veelal stamt uit de tijd van de Grote Ontginning van rond het jaar 1000. Binnen het Groene Hart verschilt de verkaveling sterk. Het gebied ten noordoosten van Leiden, dat reeds vroeg werd ontgonnen, kenmerkt zich door een onregelmatig blokvormige verkaveling. In het overige gebied overheerst de opstrekkende strokenverkaveling. Vooral in het Utrechtse plassengebied komen zeer langgerekte kavels voor. Bij de latere veenontginningen was de ontginning meer geordend en hadden de kavels een vaste diepte en breedte, de zogenoemde cope-verkaveling. De na de turfwinning noodzakelijk geworden droogmakerijen hebben een rechthoekige verkaveling en wegen- en slotenpatroon, dat vaak nog aanwezig is.
Naast de verkavelingspatronen zijn oeverwallen, veenplassen, dijken, kaden, buitenplaatsen en landgoederen getuigen van de ontstaansgeschiedenis van het Groene Hart. De oeverwallen van veenrivieren en riviertjes waren in het oerlandschap de plekken, die goed toegankelijk waren via het water. Vanaf de middeleeuwen concentreerde de bewoning zich hier. Die zandige oeverwallen zijn de hoogstgelegen delen van het gebied gaan vormen omdat het veen inklonk door ontwatering. De inklinking van de veenbodem leidde er toe dat men dijken en kaden moest aanleggen om land en water gescheiden te houden.